RNF12

Infotaula de genRNF12
ÀliesRLIM (HUGO), NY-REN-43, RNF12, ring finger protein, LIM domain interacting, MRX61, TOKAS
Identif. externsOMIM 300379   MGI 1342291   HomoloGene: 7920   GeneCards: RLIM   OMA: RLIM - orthologs
Localització del gen (humà)
Cromosoma X (humà)
Crom.Cromosoma X (humà)[1]
Cromosoma X (humà)
Localització genòmica per RNF12
Localització genòmica per RNF12
BandaXq13.2Inici74.582.976 bp[1]
Fi74.614.624 bp[1]
Localització del gen (ratolí)
Cromosoma X (ratolí)
Crom.Cromosoma X (ratolí)[2]
Cromosoma X (ratolí)
Localització genòmica per RNF12
Localització genòmica per RNF12
BandaX 46.42 cM|X DInici103.000.769 bp[2]
Fi103.024.890 bp[2]
Patró d'expressió d'ARN
Bgee
humàratolí (ortòleg)
Més explicacions
  • middle temporal gyrus Podeu traduir-lo

  • cartilage tissue Podeu traduir-lo

  • tendó d'Aquil·les

  • Brodmann area 46 Podeu traduir-lo

  • Gir postcentral

  • internal globus pallidus Podeu traduir-lo

  • entorhinal cortex Podeu traduir-lo

  • Brodmann area 23 Podeu traduir-lo

  • tendon of biceps brachii Podeu traduir-lo

  • Pars compacta Podeu traduir-lo
Més explicacions
Més dades d'expressió de referència
BioGPS
Ontologia genètica
Funció molecular
  • transcription corepressor activity Podeu traduir-lo
  • metal ion binding Podeu traduir-lo
  • transferase activity Podeu traduir-lo
  • ubiquitin-protein transferase activity Podeu traduir-lo
  • ubiquitin protein ligase activity Podeu traduir-lo
  • unió proteica 
Component cel·lular
  • transcription repressor complex Podeu traduir-lo
  • nucli cel·lular 
  • citosol 
  • nucleoplasma 
Procés biològic
  • negative regulation of transcription, DNA-templated Podeu traduir-lo
  • transcripció, plantilla d'ADN Podeu corregir-lo
  • protein ubiquitination Podeu traduir-lo
  • proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process Podeu traduir-lo
  • protein polyubiquitination Podeu traduir-lo
  • regulació de la transcripció, modelat amb ADN Podeu corregir-lo
  • negative regulation of transcription by RNA polymerase II Podeu traduir-lo
  • ubiquitin-dependent protein catabolic process Podeu traduir-lo
  • negative regulation of DNA-binding transcription factor activity Podeu traduir-lo
  • random inactivation of X chromosome Podeu traduir-lo
  • regulation of dosage compensation by inactivation of X chromosome Podeu traduir-lo
Fonts:Amigo / QuickGO
Ortòlegs
EspèciesHumàRatolí
Entrez

51132

19820

Ensembl

ENSG00000131263

ENSMUSG00000056537

UniProt

Q9NVW2

Q9WTV7

RefSeq (ARNm)

NM_183353
NM_016120

NM_011276
NM_001358205

RefSeq (proteïna)

NP_057204
NP_899196

NP_035406
NP_001345134

Localització (UCSC)Chr X: 74.58 – 74.61 MbChr X: 103 – 103.02 Mb
Cerca a PubMed[3][4]
Wikidata
Veure/Editar HumàVeure/Editar Ratolí

La lligasa RLIM de proteïna-ubiqüitina E3 (en anglès: E3 ubiquitin-protein ligase RLIM) és un enzim que en humans està codificat pel gen RLIM.[5][6]

La proteïna codificada per aquest gen és un dit de zinc RING-H2. Segons han observat els científics, es tracta d'una lligasa d'ubiqüitina que té com a diana el domini d'unió LIM 1 (LDB1/CLIM), i provoca una degradació proteasòmica de LDB1. Tant RLIM com LDB1 són co-repressors de LHX1/LIM-1, un factor de transcripció homeodomini. S'han descrit variants transcripcionals per splicing alternatiu que codifiquen per la mateixa proteïna.[6]

Rnf12 té un paper important al procés de la inactivació del cromosoma X, i està regulat negativament per factors de pluripotència en cèl·lules mare embrionàries. [7]

Interaccions

S'ha demostrat la interacció de RNF12 amb receptor d'estrogen alfa.[8]

Referències

  1. ↑ 1,0 1,1 1,2 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000131263 - Ensembl, May 2017
  2. ↑ 2,0 2,1 2,2 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000056537 – Ensembl, May 2017
  3. ↑ «Human PubMed Reference:». National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ↑ «Mouse PubMed Reference:». National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ↑ Scanlan MJ, Gordan JD, Williamson B, Stockert E, Bander NH, Jongeneel V, Gure AO, Jager D, Jager E, Knuth A, Chen YT, Old LJ «Antigens recognized by autologous antibody in patients with renal-cell carcinoma». Int J Cancer, 83, 4, Novembre 1999, pàg. 456–464. DOI: 10.1002/(SICI)1097-0215(19991112)83:4<456::AID-IJC4>3.0.CO;2-5. PMID: 10508479.
  6. ↑ 6,0 6,1 «Entrez Gene: RNF12 ring finger protein 12».
  7. ↑ Navarro, P.; Moffat, M.; Mullin, N.P.; Chambers, I. «The X-inactivation trans-activator Rnf12 is negatively regulated by pluripotency factors in embryonic stem cells». Hum Genet, 130, 2, 2011, pàg. 255-64. DOI: 10.1007/s00439-011-0998-5 [Consulta: 2 agost 2013].
  8. ↑ Johnsen, Steven A; Güngör Cenap, Prenzel Tanja, Riethdorf Sabine, Riethdorf Lutz, Taniguchi-Ishigaki Naoko, Rau Thomas, Tursun Baris, Furlow J David, Sauter Guido, Scheffner Martin, Pantel Klaus, Gannon Frank, Bach Ingolf «Regulation of estrogen-dependent transcription by the LIM cofactors CLIM and RLIM in breast cancer». Cancer Res. [United States], 69, 1, Gener 2009, pàg. 128–136. DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-08-1630. PMC: 2713826. PMID: 19117995.

Bibliografia

  • Rual JF; Hirozane-Kishikawa, Tomoko; Dricot, Amélie; Li, Ning; Berriz, Gabriel F.; Gibbons, Francis D.; Dreze, Matija; Venkatesan K; Hao T; 3 «Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network». Nature, 437, 7062, 2005, pàg. 1173–1178. DOI: 10.1038/nature04209. PMID: 16189514.
  • Ota T; Otsuki, Tetsuji; Sugiyama, Tomoyasu; Irie, Ryotaro; Wakamatsu, Ai; Hayashi, Koji; Sato, Hiroyuki; Suzuki Y; Nishikawa T; 3 «Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs». Nat. Genet., 36, 1, 2004, pàg. 40–45. DOI: 10.1038/ng1285. PMID: 14702039.
  • Hiratani I; Ohmori, SY; Taira, M; Yamamoto N; Mochizuki T; 3 «Selective degradation of excess Ldb1 by Rnf12/RLIM confers proper Ldb1 expression levels and Xlim-1/Ldb1 stoichiometry in Xenopus organizer functions». Development, 130, 17, 2003, pàg. 4161–4175. DOI: 10.1242/dev.00621. PMID: 12874135.
  • Strausberg RL; Derge, JG; Klausner, RD; Collins, FS; Wagner, L; Shenmen, CM; Schuler, GD; Feingold EA; Grouse LH; 3 «Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences». Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 99, 26, 2003, pàg. 16899–16903. DOI: 10.1073/pnas.242603899. PMC: 139241. PMID: 12477932.
  • Ostendorff HP; Schlüter, Anne; Bossenz, Michael; Scheffner, Martin; Bach, Ingolf; Peirano RI; Peters MA; 3 «Ubiquitination-dependent cofactor exchange on LIM homeodomain transcription factors». Nature, 416, 6876, 2002, pàg. 99–103. DOI: 10.1038/416099a. PMID: 11882901.
  • Ostendorff HP; Copeland, NG; Gilbert, DJ; Jenkins, NA; Lichter, P; Bach, I; Bossenz M; Mincheva A; 3 «Functional characterization of the gene encoding RLIM, the correpressor of LIM homeodomain factors». Genomics, 69, 1, 2001, pàg. 120–130. DOI: 10.1006/geno.2000.6311. PMID: 11013082.
  • Bach I; Rodriguez-Esteban, Concepción; Carrière, Catherine; Bhushan, Anil; Krones, Anna; Rose, David W.; Glass, Christopher K.; Rodriguez-Esteban C; Carrière C; 3 «RLIM inhibits functional activity of LIM homeodomain transcription factors via recruitment of the histone deacetylase complex». Nat. Genet., 22, 4, 1999, pàg. 394–399. DOI: 10.1038/11970. PMID: 10431247.