International Code of Nomenclature of Prokaryotes

International Code of Nomenclature of Prokaryotes (ICNP, zkráceně „Prokaryotic Code“) je mezinárodním předpisem upravujícím klasifikaci a názvosloví prokaryotních organismů, tedy bakterií a archeí. Vydává a reviduje ho Mezinárodní výbor pro systematiku prokaryot (International Committee on Systematics of Prokaryotes, ICSP).^[1]

Jeho předchůdcem byl International Code of Nomenclature of Bacteria (ICNB, zkráceně „Bacteriological Code“) byl oficiálním předpisem týkající se klasifikace a nomenklatury bakterií. Ten nahradil tak Mezinárodní kód botanické nomenklatury, který předtím do roku 1975 zahrnoval i bakterie. První bakteriologický kód byl odsouhlasen v roce 1947, ale později byl zrušen. Oficiálně se tak bakteriologická nomenklatura začala používat až od 1. ledna 1980.

Od r. 2021 kód specifikuje pro obě domény prokaryot standardní taxonomické úrovně kmen, třída, podtřída, řád, podřád, čeleď, tribus, rod, podrod, druh a poddruh a stanoví principy pro jejich platné pojmenování.^[2] V r. 2023 bylo navrženo rozšířit systém o úroveň říše.^[3] Kód stanoví i pravidla pro pojmenování taxonů pro skupiny bez kultivovaných vzorků (typu Candidatus).

Přehled platně publikovaných názvů taxonů podle prokaryotického kódu spravuje internetová databáze LPSN (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature) a průběžně ji aktualizuje.^[4]

Konkurenční SeqCode

The Code of Nomenclature of Prokaryotes Described from Sequence Data (zkráceně „SeqCode“)^[5] vznikl v r. 2021 jako opora pro systém aplikovaný v internetové databázi Genome Taxonomy Database (GTDb)^[6], která shrnuje údaje o sekvenovaných genomech všech prokaryot.

Kód je zaštiťovaný Mezinárodní společností pro mikrobiální ekologii (International Society for Microbial Ecology, ISME), která však nemá žádný vztah k ICSP s gescí pro ICNP.

Tento kód umožňuje platnou publikaci jmen prokaryot i na základě izolovaného genomu izolátů, genomu sestaveného z metagenomu nebo genomových sekvencí, uznává tak jako platné i názvy, které dostaly taxony identifikované na základě molekulárních analýz, aniž by měly kultivované vzorky, a přiznává prioritu těmto názvům před oficiální publikací jména typu Candidatus platnou podle ICNP (i v případě shody s touto publikací přívlastek Candidatus systematicky neuvádí).^[7]

Reference

V tomto článku byl použit překlad textu z článku International Code of Nomenclature of Bacteria na anglické Wikipedii.

↑ OREN, Aharon; ARAHAL, David R.; GÖKER, Markus; MOORE, Edward R. B.; ROSSELLO-MORA, Ramon; SUTCLIFFE, Iain C. International Code of Nomenclature of Prokaryotes. Prokaryotic Code (2022 Revision). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. Microbiology Society, 2023-05-01 [cit. 2024-01-25]. Roč. 73, čís. 5a. Dostupné online. ISSN 1466-5034. DOI 10.1099/ijsem.0.005585. PMID 37219928. (anglicky)
↑ OREN, Aharon; ARAHAL, David R.; ROSSELLÓ-MÓRA, Ramon; SUTCLIFFE, Iain C.; MOORE, Edward R. B. Emendation of Rules 5b, 8, 15 and 22 of the International Code of Nomenclature of Prokaryotes to include the rank of phylum. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. 2021-06-23 [cit. 2024-03-25]. Roč. 71, čís. 6. DOI 10.1099/ijsem.0.004851. PMID 34161220. (anglicky)
↑ OREN, Aharon. Emendation of Principle 8, Rules 5b, 8, 15, 33a, and Appendix 7 of the International Code of Nomenclature of Prokaryotes to include the categories of kingdom and domain. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. Microbiology Society, 2023-11-01 [cit. 2024-05-28]. Roč. 73, čís. 11. ISSN 1466-5034. DOI 10.1099/ijsem.0.006123. PMID 37909283. (anglicky)
↑ LPSN: Domain (seznam kmenů v obou prokaryotních doménách). Dostupné online (anglicky)
↑ The Code of Nomenclature of Prokaryotes Described from Sequence Data [online]. Příprava vydání William B. Whitman, Maria Chuvochina, Brian P. Hedlund, Philip Hugenholtz, Kostas T. Konstantinidis, Alison E. Murray, Marike Palmer, Donovan H. Parks, Alexander J. Probst, Anna-Louise Reysenbach, Luis M. Rodriguez-R., Ramon Rossello-Mora, Iain Sutcliffe, Stephanus N. Venter. Version 1.0.3. vyd. Rev. 2023-01-05 [cit. 2024-09-18]. Dostupné online. (anglicky)
↑ Genome Taxonomy Database (GTDb). Dostupné online (anglicky)
↑ HEDLUND, Brian P.; CHUVOCHINA, Maria; HUGENHOLTZ, Philip; KONSTANTINIDIS, Konstantinos T.; MURRAY, Alison E.; PALMER, Marike; PARKS, Donovan H. SeqCode: a nomenclatural code for prokaryotes described from sequence data. S. 1702–1708. Nature Microbiology [online]. Nature Publishing Group, 2022-09-19 [cit. 2024-09-18]. Roč. 7, čís. 10, s. 1702–1708. Dostupné online. ISSN 2058-5276. DOI 10.1038/s41564-022-01214-9. PMID 36123442. (anglicky)