Caenorhabditis

Caenorhabditis

Description de cette image, également commentée ci-après

Caenorhabditis elegans hermaphrodite adulte.

Classification
Règne	Animalia
Embranchement	Nematoda
Classe	Secernentea
Ordre	Rhabditida
Famille	Rhabditidae

Genre

Caenorhabditis
(Osche, 1952)^[1] Dougherty, 1955

Synonymes

Rhabditis (Caenorhabditis) Osche, 1952

Caenorhabditis est un genre de nématodes vivant dans des environnements riches en bactéries. Il contient l’organisme modèle Caenorhabditis elegans, ainsi que de nombreuses autres espèces dont le génome a été séquencé.

Le nom est formé des deux racines grecques caeno- (καινός (caenos), récent), et rhabditis (ῥάβδος (rhabdos), tige, bâton).

Liste d'espèces

Selon NCBI (30 octobre 2019)^[2], le genre appartient à la sous-famille des Peloderinae avec les genres Pellioditis et Pelodera, et comprend les espèces suivantes :

Caenorhabditis afra
Caenorhabditis angaria
Caenorhabditis astrocarya
Caenorhabditis becei
Caenorhabditis brenneri
Caenorhabditis briggsae
- Caenorhabditis briggsae AF16
Caenorhabditis briggsae x Caenorhabditis nigoni
Caenorhabditis castelli
Caenorhabditis dolens
Caenorhabditis doughertyi
Caenorhabditis drosophilae
Caenorhabditis elegans
Caenorhabditis guadeloupensis
Caenorhabditis imperialis
Caenorhabditis inopinata
Caenorhabditis japonica
Caenorhabditis kamaaina
Caenorhabditis latens
Caenorhabditis macrosperma
Caenorhabditis maupasi
Caenorhabditis monodelphis
Caenorhabditis nigoni
Caenorhabditis nouraguensis
Caenorhabditis nouraguensis x Caenorhabditis becei
Caenorhabditis panamensis
Caenorhabditis parvicauda
Caenorhabditis plicata
Caenorhabditis portoensis
Caenorhabditis quiockensis
Caenorhabditis remanei
Caenorhabditis sinica
Caenorhabditis sonorae
Caenorhabditis sulstoni
Caenorhabditis tribulationis
Caenorhabditis tropicalis
Caenorhabditis uteleia
Caenorhabditis virilis
Caenorhabditis vivipara
Caenorhabditis waitukubuli
Caenorhabditis wallacei
Caenorhabditis yunquensis
Caenorhabditis zanzibari

autres espèces de Caenorhabditis non nommées :

Caenorhabditis sp. 1 TAC-2019
Caenorhabditis sp. 1 TWN1898
Caenorhabditis sp. 10 JR-2014
Caenorhabditis sp. 10 TWN510
Caenorhabditis sp. 11 RJ-2013
Caenorhabditis sp. 16 NG-2017
Caenorhabditis sp. 2 KK-2011
Caenorhabditis sp. 2 TWN2542
Caenorhabditis sp. 21 LS-2015
Caenorhabditis sp. 23 AD-2012
Caenorhabditis sp. 26 LS-2015
Caenorhabditis sp. 3 TWN2594
Caenorhabditis sp. 31 LS-2015
Caenorhabditis sp. 32 LS-2015
Caenorhabditis sp. 38 MB-2015
Caenorhabditis sp. 39 LS-2015
Caenorhabditis sp. 4 TWN1772
Caenorhabditis sp. 40 LS-2015
Caenorhabditis sp. 43 LS-2015
Caenorhabditis sp. 5 GVDU-2019
Caenorhabditis sp. 6 TWN1824
Caenorhabditis sp. 7 GVDU-2019
Caenorhabditis sp. 8 KK-2011
Caenorhabditis sp. 8 TWN1907
Caenorhabditis sp. 9 AC-2009
Caenorhabditis sp. 9 TWN2033
Caenorhabditis sp. DF5070
Caenorhabditis sp. JLR-2009
Caenorhabditis sp. JU727
Caenorhabditis sp. SB341

Selon ITIS (27 mars 2011)^[3] :

Caenorhabditis briggsae
Caenorhabditis dolichura
Caenorhabditis elegans
Caenorhabditis rara

Génétique

Liste des espèces séquencées

Caenorhabditis brenneri - génome séquencé
Caenorhabditis briggsae - génome séquencé en 2003^[4]
Caenorhabditis elegans - génome séquencé en 1998^[5]
Caenorhabditis japonica - génome séquencé
Caenorhabditis remanei - génome séquencé

Études phylogénétiques

Cladogramme des espèces de Caenorhabditis selon Félix et al. (avril 2014)

Caenorhabditis

Elegans

C. inopinata

C. sp. 35

Elegans

	C. briggsae

	C. nigoni

C. sinica

	C. latens

	C. remanei

	C. wallacei

	C. tropicalis

	C. brenneri

	C. doughertyi

C. elegans

Japonica

	C. nouraguensis

	C. yunquensis

C. macrosperma

	C. afra

	C. imperialis

C. japonica

C. kamaaina

Drosophilae

	C. drosophilae

	C. sp. 2

	C. angaria

	C. castelli

C. sp. 8

	C. portoensis

	C. virilis

C. guadeloupensis

	C. monodelphis

	C. plicata

Cladogramme des espèces de Caenorhabditis, basé sur la comparaison de séquences de l'"Internal transcribed spacer", une portion d'ADN située entre les gènes de la petite et de la grande sous-unité de l'ARN.

Une étude phylogénétique réalisée en 2014 révèle la présence de deux super-groupes, 'Elegans' et 'Drosophilae et de deux groupes ('Elegans' et 'Japonica') au sein du super-groupe 'Elegans'. Cette étude révèle aussi que C. nigoni est l'espèce-sœur de C. briggsae tandis que C. elegans est seul, basal dans le groupe 'Elegans'^[6].

Une autre étude de 2019 ajoute C. inopinata comme espèce la plus proche de C. elegans. Elle révèle aussi que C. monodelphis est l'espèce la plus basale dans l'arbre phylogénétique^[7].

Notes et références

↑ (de) Osche, G., 1952. « Systematik und Phylogenie der Gattung Rhabditis (Nematoda) ». Zoologische Jahrbücher (Abt. 1), 81, p. 190–280.
↑ NCBI, consulté le 30 octobre 2019
↑ Integrated Taxonomic Information System (ITIS), www.itis.gov, CC0 https://doi.org/10.5066/F7KH0KBK, consulté le 27 mars 2011
↑ (en) Stein, L. D. et al., « The Genome Sequence of Caenorhabditis briggsae: A Platform for Comparative Genomics », PLoS Biology, vol. 1, n^o 2,‎ 2003, p. 166–192 (PMID 14624247, PMCID 261899, DOI 10.1371/journal.pbio.0000045, lire en ligne)
↑ (en) The C. elegans Sequencing Consortium, « Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology », Science, vol. 282,‎ 1998, p. 2012–2018 (DOI 10.1126/science.282.5396.2012, lire en ligne)
↑ (en) Félix, Marie-Anne; Braendle, Christian; Cutter, Asher D. (April 11, 2014). "A Streamlined System for Species Diagnosis in Caenorhabditis (Nematoda: Rhabditidae) with Name Designations for 15 Distinct Biological Species". PLOS ONE. 9: e94723. DOI 10.1371/journal.pone.0094723
↑ (en) Comparative genomics of 10 new Caenorhabditis species. Lewis Stevens, Marie‐Anne Félix, Toni Beltran, Christian Braendle, Carlos Caurcel, Sarah Fausett, David Fitch, Lise Frézal, Charlie Gosse and Taniya Kaur, Evolution Letters, Volume3, Issue2, April 2019, Pages 217-236, DOI 10.1002/evl3.110.

Liens externes

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(en) Référence Catalogue of Life : Caenorhabditis Osche, 1952 (consulté le 8 avril 2023)
(en) Référence Fauna Europaea : Caenorhabditis
(fr + en) Référence ITIS : Caenorhabditis
(en) Référence Animal Diversity Web : Caenorhabditis
(en) Référence NCBI : Caenorhabditis (taxons inclus)