Chemistry Development Kit
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The Chemistry Development Kit (CDK)
| Développé par | Le projet CDK |
|---|---|
| Dernière version | 2.9 ()[1] |
| Dépôt | sourceforge.net/p/cdk/code/ci/master/tree et github.com/cdk/cdk |
| Assurance qualité | Intégration continue |
| Écrit en | Java |
| Système d'exploitation | Multiplateforme |
| Environnement | Multiplate-forme |
| Formats lus | Program database, Chemical Markup Language, MDL Molfile (en), Structure-data file (en), Format .xyz et Simplified Molecular Input Line Entry Specification |
| Langues | Multilingue |
| Type | Chemo-informatique/Modélisation moléculaire/Bio-informatique |
| Licence | Licence publique générale limitée GNU version 2.0 (d) et licence publique générale limitée GNU version 2.1 ou ultérieure (d) |
| Site web | cdk.github.io |
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Le Chemistry Development Kit (CDK) est une bibliothèque open source développée en Java pour la chémoinformatique et la bio-informatique [2]. Cette bibliothèque est disponible pour les systèmes Windows, Unix, et Mac OS X. CDK est distribué sous licence GNU LGPL.
Historique
Le projet CDK a démarré en 2000 par Christoph Steinbeck, Egon Willighagen et Dan Gezelter, les développeurs de Jmol et JChemPaint, afin de créer une base de code commun à ces deux projets. Depuis, de nombreuses personnes ont contribué au projet, permettant le développement de nombreuses fonctionnalités détaillées ci-dessous.
Bibliothèque
La bibliothèque CDK ne comporte pas d'exécutable utilisable par les utilisateurs finaux. Toutefois, CDK a été intégré dans plusieurs logiciels afin de rendre ses fonctionnalités disponibles (par exemple, CDK-Taverna, Bioclipse et Cinfony).
Fonctionnalités principales
Chemo-informatique
Article connexe : Chemo-informatique.
- Édition et génération de molécules en 2D
- Génération de coordonnées 3D
- Recherche structurale (sous-structure ou structure exacte)
- Calcul de descripteurs QSAR[3] (e.g. PubMed 16959190)
- Calcul d'empreintes binaires (fingerprint)
- Calcul de champs de force
- Support de nombreux formats de fichier chimique
- Génération de structures
Bio-informatique
Article connexe : Bio-informatique.
- Détection des sites actifs des protéines
- Détection de ligands similaires DOI 10.1016/j.jmb.2006.09.041
Général
- Adaptateur Python
- Adaptateur Ruby
- Communauté d'utilisateurs active
- Newsletter: CDK News
Notes et références
- ↑ « Release 2.9 », (consulté le )
- ↑ Steinbeck, C.; Han, Y. Q.; Kuhn, S.; Horlacher, O.; Luttmann, E.; Willighagen, E.L. The Chemistry Development Kit (CDK): An open-source Java library for chemo- and bioinformatics. Journal of Chemical Information and Computer Sciences 2003, 43, 493-500. DOI 10.1021/ci025584y PubMed 12653513
- ↑ Steinbeck, C.; Hoppe, C.; Kuhn, S.; Floris, M.; Guha, R.; Willighagen, E.L. Recent developments of the chemistry development kit (CDK) - an open-source java library for chemo- and bioinformatics.. Current pharmaceutical design 2006, 12, 2111-20. DOI 10.2174/138161206777585274 PubMed 16796559
Annexes
Articles connexes
- Bioclipse - Logiciel basé sur Eclipse/RCP pour la chemo-informatique et la bio-informatique
- Jmol - Logiciel de visualisation 3D de molécules
- JOELib - Version Java des logiciels OpenBabel et OELib
- JChemPaint - Logiciel d'édition 2D de molécules
Liens externes
- Site officiel
- Le Wiki CDK - Le wiki
- CDK News - La newsletter du projet CDK
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