- Apistogramma acrensis Staeck, 2003
- Apistogramma agassizii (Steindachner, 1875)
- Apistogramma aguarico Römer & Hahn, 2013
- Apistogramma alacrina Kullander, 2004
- Apistogramma allpahuayo Römer, Beninde, Duponchelle et al., 2012
- Apistogramma amoena (Cope, 1872)
- Apistogramma angayuara Kullander & Ferreira, 2005
- Apistogramma arua Römer & Warzel, 1998
- Apistogramma atahualpa Römer, 1997
- Apistogramma baenschi Römer, Hahn, Römer, Soares & Wöhler, 2004
- Apistogramma barlowi Römer & Hahn, 2008
- Apistogramma bitaeniata Pellegrin, 1936
- Apistogramma borellii (Regan, 1906)
- Apistogramma brevis Kullander, 1980
- Apistogramma cacatuoides Hoedeman, 1951
- Apistogramma caetei Kullander, 1980
- Apistogramma caudomaculata Mesa & Lasso, 2011
- Apistogramma commbrae (Regan, 1906)
- Apistogramma cruzi Kullander, 1986
- Apistogramma diplotaenia Kullander, 1987
- Apistogramma elizabethae Kullander, 1980
- Apistogramma eremnopyge Ready & Kullander, 2004
- Apistogramma erythrura Staeck & Schindler, 2008
- Apistogramma eunotus Kullander, 1981
- Apistogramma flabellicauda Mesa & Lasso, 2011
- Apistogramma geisleri Meinken, 1971
- Apistogramma gephyra Kullander, 1980
- Apistogramma gibbiceps Meinken, 1969
- Apistogramma gossei Kullander, 1982
- Apistogramma guttata Antonio C., Kullander & Lasso A., 1989
- Apistogramma helkeri Schindler & Staeck, 2013
- Apistogramma hippolytae Kullander, 1982
- Apistogramma hoignei Meinken, 1965
- Apistogramma hongsloi Kullander, 1979
- Apistogramma huascar Römer, Pretor & Hahn, 2006
- Apistogramma inconspicua Kullander, 1983
- Apistogramma iniridae Kullander, 1979
- Apistogramma inornata Staeck, 2003
- Apistogramma intermedia Mesa & Lasso, 2011
- Apistogramma juruensis Kullander, 1986
- Apistogramma lineata Mesa & Lasso, 2011
- Apistogramma linkei Koslowski, 1985
- Apistogramma luelingi Kullander, 1976
| - Apistogramma macmasteri Kullander, 1979
- Apistogramma martini Römer, Hahn, Römer, Soares & Wöhler, 2003
- Apistogramma megaptera Mesa & Lasso, 2011
- Apistogramma meinkeni Kullander, 1980
- Apistogramma mendezi Römer, 1994
- Apistogramma minima Mesa & Lasso, 2011
- Apistogramma moae Kullander, 1980
- Apistogramma nijsseni Nijssen & Kullander, 1979
- Apistogramma norberti Staeck, 1991
- Apistogramma nororientalis Mesa & Lasso, 2011
- Apistogramma ortmanni (Eigenmann, 1912)
- Apistogramma panduro Römer, 1997
- Apistogramma pantalone Römer, Römer, Soares & Hahn, 2006
- Apistogramma paucisquamis Kullander & Staeck, 1988
- Apistogramma paulmuelleri Römer, Beninde, Duponchelle et al., 2013
- Apistogramma payaminonis Kullander, 1986
- Apistogramma pedunculata Mesa & Lasso, 2011
- Apistogramma personata Kullander, 1980
- Apistogramma pertensis (Haseman, 1911)
- Apistogramma piaroa Mesa & Lasso, 2011
- Apistogramma piauiensis Kullander, 1980
- Apistogramma playayacu Römer, Beninde & Hahn, 2011
- Apistogramma pleurotaenia (Regan, 1909)
- Apistogramma pulchra Kullander, 1980
- Apistogramma regani Kullander, 1980
- Apistogramma resticulosa Kullander, 1980
- Apistogramma rositae Römer, Römer & Hahn, 2006
- Apistogramma rubrolineata Hein, Zarske & Zapata, 2002
- Apistogramma rupununi Fowler, 1914
- Apistogramma salpinction Kullander & Ferreira, 2005
- Apistogramma similis Staeck, 2003
- Apistogramma staecki Koslowski, 1985
- Apistogramma steindachneri (Regan, 1908)
- Apistogramma taeniata (Günther, 1862)
- Apistogramma trifasciata (Eigenmann & Kennedy, 1903)
- Apistogramma tucurui Staeck, 2003
- Apistogramma uaupesi Kullander, 1980
- Apistogramma urteagai Kullander, 1986
- Apistogramma velifera Staeck, 2003
- Apistogramma viejita Kullander, 1979
- Apistogramma wapisana Römer, Hahn & Conrad, 2006
|