Ku80

XRCC5

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1JEQ, 1JEY, 1Q2Z, 1RW2, 3RZ9

Ідентифікатори

Символи

XRCC5, KARP-1, KARP1, KU80, KUB2, Ku86, NFIV, Ku80, X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 5, X-ray repair cross complementing 5

Зовнішні ІД

OMIM: 194364 MGI: 104517 HomoloGene: 40681 GeneCards: XRCC5

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • nucleotide binding • double-stranded telomeric DNA binding • telomeric DNA binding • GO:0008026 helicase activity • 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity • GO:0004003 DNA helicase activity • hydrolase activity, acting on acid anhydrides • protein C-terminus binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • hydrolase activity • ATP binding • ubiquitin protein ligase binding • double-stranded DNA binding • damaged DNA binding • RNA binding • GO:0010577 enzyme activator activity • GO:0032403 protein-containing complex binding • DNA end binding
Клітинна компонента	• цитоплазма • гіалоплазма • nuclear telomere cap complex • мембрана • клітинна мембрана • нуклеоплазма • хромосома • ядерце • nonhomologous end joining complex • клітинне ядро • extracellular region • secretory granule lumen • protein-DNA complex • Ku70:Ku80 complex • GO:0009327 protein-containing complex • site of DNA damage • Рибонуклеопротеїни
Біологічний процес	• DNA recombination • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • regulation of smooth muscle cell proliferation • transcription, DNA-templated • cellular response to DNA damage stimulus • positive regulation of neurogenesis • hematopoietic stem cell differentiation • double-strand break repair • negative regulation of t-circle formation • establishment of integrated proviral latency • проліферація • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of type I interferon production • cellular hyperosmotic salinity response • GO:0100026 Репарація ДНК • DNA duplex unwinding • brain development • cellular response to fatty acid • double-strand break repair via nonhomologous end joining • neutrophil degranulation • cellular response to gamma radiation • cellular response to X-ray • telomere maintenance • regulation of telomere maintenance • positive regulation of telomere maintenance via telomerase • GO:0048554 positive regulation of catalytic activity • positive regulation of protein kinase activity • positive regulation of telomerase activity • protein localization to chromosome, telomeric region • cellular response to leukemia inhibitory factor • activation of innate immune response • процес імунної системи • вроджений імунітет
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


7520


22596

Ensembl


ENSG00000079246


ENSMUSG00000026187

UniProt


P13010


P27641

RefSeq (мРНК)


NM_021141


NM_009533 NM_001357519 NM_001357520

RefSeq (білок)


NP_066964


NP_033559 NP_001344448 NP_001344449

Локус (UCSC)

Хр. 2: 216.11 – 216.21 Mb

Хр. 1: 72.35 – 72.43 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

Ku80 (англ. X-ray repair cross complementing 5) – білок, який кодується геном XRCC5, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 732 амінокислот, а молекулярна маса — 82 705^[4]. Разом з Ku70 формують Ku-гетеродимер

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MVRSGNKAAV	VLCMDVGFTM	SNSIPGIESP	FEQAKKVITM	FVQRQVFAEN
KDEIALVLFG	TDGTDNPLSG	GDQYQNITVH	RHLMLPDFDL	LEDIESKIQP
GSQQADFLDA	LIVSMDVIQH	ETIGKKFEKR	HIEIFTDLSS	RFSKSQLDII
IHSLKKCDIS	LQFFLPFSLG	KEDGSGDRGD	GPFRLGGHGP	SFPLKGITEQ
QKEGLEIVKM	VMISLEGEDG	LDEIYSFSES	LRKLCVFKKI	ERHSIHWPCR
LTIGSNLSIR	IAAYKSILQE	RVKKTWTVVD	AKTLKKEDIQ	KETVYCLNDD
DETEVLKEDI	IQGFRYGSDI	VPFSKVDEEQ	MKYKSEGKCF	SVLGFCKSSQ
VQRRFFMGNQ	VLKVFAARDD	EAAAVALSSL	IHALDDLDMV	AIVRYAYDKR
ANPQVGVAFP	HIKHNYECLV	YVQLPFMEDL	RQYMFSSLKN	SKKYAPTEAQ
LNAVDALIDS	MSLAKKDEKT	DTLEDLFPTT	KIPNPRFQRL	FQCLLHRALH
PREPLPPIQQ	HIWNMLNPPA	EVTTKSQIPL	SKIKTLFPLI	EAKKKDQVTA
QEIFQDNHED	GPTAKKLKTE	QGGAHFSVSS	LAEGSVTSVG	SVNPAENFRV
LVKQKKASFE	EASNQLINHI	EQFLDTNETP	YFMKSIDCIR	AFREEAIKFS
EEQRFNNFLK	ALQEKVEIKQ	LNHFWEIVVQ	DGITLITKEE	ASGSSVTAEE
AKKFLAPKDK	PSGDTAAVFE	EGGDVDDLLD	MI

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, активаторів, геліказ. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, пошкодження ДНК, репарація ДНК, рекомбінація ДНК. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, ДНК. Локалізований у ядрі, хромосомах.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Oderwald H., Hughes M.J., Jost J.-P. (1996). Non-histone protein 1 (NHP1) is a member of the Ku protein family which is upregulated in differentiating mouse myoblasts and human promyelocytes. FEBS Lett. 382: 313—318. PMID 8605992 DOI:10.1016/0014-5793(96)00189-5
Stuiver M.H., Coenjaerts F.E.J., van der Vlied P.C. (1990). The autoantigen Ku is indistinguishable from NF IV, a protein forming multimeric protein-DNA complexes. J. Exp. Med. 172: 1049—1054. PMID 2212941 DOI:10.1084/jem.172.4.1049
Cao Q.P., Pitt S., Leszyk J., Baril E.F. (1994). DNA-dependent ATPase from HeLa cells is related to human Ku autoantigen. Biochemistry. 33: 8548—8557. PMID 8031790 DOI:10.1021/bi00194a021
Chan D.W., Ye R., Veillette C.J., Lees-Miller S.P. (1999). DNA-dependent protein kinase phosphorylation sites in Ku 70/80 heterodimer. Biochemistry. 38: 1819—1828. PMID 10026262 DOI:10.1021/bi982584b
Wang H., Fang R., Cho J.-Y., Libermann T.A., Oettgen P. (2004). Positive and negative modulation of the transcriptional activity of the ETS factor ESE-1 through interaction with p300, CREB-binding protein, and Ku 70/86. J. Biol. Chem. 279: 25241—25250. PMID 15075319 DOI:10.1074/jbc.M401356200

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:12833 (англ.) . Архів оригіналу за 28 травня 2017. Процитовано 6 лютого 2017.
↑ UniProt, P13010 (англ.) . Архів оригіналу за 11 травня 2017. Процитовано 6 лютого 2017.