SNRPF

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
3CW1, 3PGW, 3S6N, 4F7U, 4PJO, 4V98, 4WZJ, 3JCR

Ідентифікатори

Символи

SNRPF, SMF, Sm-F, snRNP-F, Small nuclear ribonucleoprotein polypeptide F

Зовнішні ІД

OMIM: 603541 MGI: 1917128 HomoloGene: 130366 GeneCards: SNRPF

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding
Клітинна компонента	• U4 snRNP • SMN-Sm protein complex • pICln-Sm protein complex • клітинне ядро • U7 snRNP • catalytic step 2 spliceosome • U1 snRNP • цитоплазма • sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex • нуклеоплазма • small nuclear ribonucleoprotein complex • U12-type spliceosomal complex • methylosome • гіалоплазма • spliceosomal complex • U2-type catalytic step 2 spliceosome • U4/U6 x U5 tri-snRNP complex • U2-type precatalytic spliceosome
Біологічний процес	• termination of RNA polymerase II transcription • histone mRNA metabolic process • mRNA processing • mRNA splicing, via spliceosome • Сплайсинг РНК • import into nucleus • spliceosomal snRNP assembly
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


6636


69878

Ensembl


ENSG00000139343


ENSMUSG00000020018

UniProt


P62306


P62307

RefSeq (мРНК)


NM_003095 NM_001394209


NM_027246

RefSeq (білок)


NP_003086


NP_081522

Локус (UCSC)

Хр. 12: 95.86 – 95.9 Mb

Хр. 10: 93.42 – 93.43 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SNRPF (англ. Small nuclear ribonucleoprotein polypeptide F) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 86 амінокислот, а молекулярна маса — 9 725^[4].

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSLPLNPKPF		LNGLTGKPVM		VKLKWGMEYK		GYLVSVDGYM		NMQLANTEEY
IDGALSGHLG		EVLIRCNNVL		YIRGVEEEEE		DGEMRE

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до рибонуклеопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, ацетилювання. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Pillai R.S., Will C.L., Luehrmann R., Schuemperli D., Mueller B. (2001). Purified U7 snRNPs lack the Sm proteins D1 and D2 but contain Lsm10, a new 14 kDa Sm D1-like protein. EMBO J. 20: 5470—5479. PMID 11574479 DOI:10.1093/emboj/20.19.5470
Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088
Pomeranz Krummel D.A., Oubridge C., Leung A.K., Li J., Nagai K. (2009). Crystal structure of human spliceosomal U1 snRNP at 5.5 A resolution. Nature. 458: 475—480. PMID 19325628 DOI:10.1038/nature07851
Leung A.K., Nagai K., Li J. (2011). Structure of the spliceosomal U4 snRNP core domain and its implication for snRNP biogenesis. Nature. 473: 536—539. PMID 21516107 DOI:10.1038/nature09956

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11162 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.
↑ UniProt, P62306 (англ.) . Архів оригіналу за 25 серпня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.