SATB1

Infotaula de genSATB1
Estructures disponibles
PDBCerca ortòloga: PDBe RCSB
Llista de codis id de PDB

1YSE, 2L1P, 2O49, 2O4A, 3NZL, 3TUO, 2MW8

ÀliesSATB1 (HUGO), SATB homeobox 1, DEFDA, KTZSL
Identif. externsOMIM 602075   MGI 105084   HomoloGene: 2232   GeneCards: SATB1   OMA: SATB1 - orthologs
Localització del gen (humà)
Cromosoma 3 (humà)
Crom.Cromosoma 3 (humà)[1]
Cromosoma 3 (humà)
Localització genòmica per SATB1
Localització genòmica per SATB1
Banda3p24.3Inici18.345.377 bp[1]
Fi18.445.588 bp[1]
Localització del gen (ratolí)
Cromosoma 17 (ratolí)
Crom.Cromosoma 17 (ratolí)[2]
Cromosoma 17 (ratolí)
Localització genòmica per SATB1
Localització genòmica per SATB1
Banda17|17 CInici52.043.215 bp[2]
Fi52.140.318 bp[2]
Patró d'expressió d'ARN
Bgee
humàratolí (ortòleg)
Més explicacions
Més explicacions
Més dades d'expressió de referència
BioGPS
Més referències a dades d'expressió
Ontologia genètica
Funció molecular
  • DNA binding Podeu traduir-lo
  • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding Podeu traduir-lo
  • DNA-binding transcription factor activity Podeu traduir-lo
  • chromatin binding Podeu traduir-lo
  • unió proteica 
  • DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific Podeu traduir-lo
  • double-stranded DNA binding Podeu traduir-lo
  • DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific Podeu traduir-lo
  • sequence-specific DNA binding Podeu traduir-lo
Component cel·lular
  • PML body Podeu traduir-lo
  • nuclear matrix Podeu traduir-lo
  • nucleoplasma 
  • cromatina 
  • nucli cel·lular 
  • nuclear body Podeu traduir-lo
Procés biològic
  • reflex 
  • CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation Podeu traduir-lo
  • CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation Podeu traduir-lo
  • chromatin remodeling Podeu traduir-lo
  • activated T cell proliferation Podeu traduir-lo
  • regulació de la transcripció, modelat amb ADN Podeu corregir-lo
  • negative regulation of transcription by RNA polymerase II Podeu traduir-lo
  • chromatin organization Podeu traduir-lo
  • transcripció, plantilla d'ADN Podeu corregir-lo
  • epidermis development Podeu traduir-lo
  • histone methylation Podeu traduir-lo
  • procés viral Podeu corregir-lo
  • T cell activation Podeu traduir-lo
Fonts:Amigo / QuickGO
Ortòlegs
EspèciesHumàRatolí
Entrez

6304

20230

Ensembl

ENSG00000182568

ENSMUSG00000023927

UniProt

Q01826

Q60611

RefSeq (ARNm)
NM_001131010
NM_001195470
NM_002971
NM_001322871
NM_001322872

NM_001322873
NM_001322874
NM_001322875
NM_001322876

NM_001163630
NM_001163631
NM_001163632
NM_009122
NM_001357636

NM_001357637
NM_001357638
NM_001357640

RefSeq (proteïna)
NP_001124482
NP_001182399
NP_001309800
NP_001309801
NP_001309802

NP_001309803
NP_001309804
NP_001309805
NP_002962

NP_001157102
NP_001157103
NP_001157104
NP_033148
NP_001344565

NP_001344566
NP_001344567
NP_001344569

Localització (UCSC)Chr 3: 18.35 – 18.45 MbChr 17: 52.04 – 52.14 Mb
Cerca a PubMed[3][4]
Wikidata
Veure/Editar HumàVeure/Editar Ratolí

SATB1 (de l'anglès Special AT-rich sequence-binding protein-1, proteïna d'unió a seqüències especials riques en AT 1) és una proteïna que en humans està codificada pel gen SATB1.[5]

Funció

SATB1 actua d'organitzador de la cromatina i com a factor de transcripció, integrant l'arquitectura d'alt ordre de la cromatina i la regulació gènica.[6] Estudis recents han aclarit el paper de SATB1 en l'organització del loopscape de cromatina i la seva naturalesa dinàmica en resposta a estímuls fisiològics.[7] A nivell genòmic, sembla que SATB1 jugaria un paper en l'organització de la cromatina que es troba a punt per a la transcripció. SATB1 organitza el locus del Complex Major d'Histocompatibilitat-1 (MHC-1) en diversos bucles de cromatina lligant MARs a la matriu nuclear a distàncies determinades. El silenciament de SATB1 imita els efectes de l'IFN-γ sobre l'arquitectura dels bucles de cromatina del locus de MHC-1 i l'expressió alterada de gens dins el locus. També s'ha mostrat que SATB1 pot induir el creixement de tumors i metàstasis en càncers de mama mitjançant una alteració en l'expressió de molts gens.

Interaccions

SATB1 presenta interaccions amb HDAC1,[8] SMARCA5,[8] MTA2,[8] CHD4,[8] CUTL1,[9] POLR2J[10] i BAZ1A.[8]

Referències

  1. ↑ 1,0 1,1 1,2 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000182568 - Ensembl, May 2017
  2. ↑ 2,0 2,1 2,2 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000023927 – Ensembl, May 2017
  3. ↑ «Human PubMed Reference:». National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ↑ «Mouse PubMed Reference:». National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ↑ «Entrez Gene: SATB1 SATB homeobox 1».
  6. ↑ Pavan Kumar P, Purbey PK, Sinha CK, Notani D, Limaye A, Jayani RS, Galande S «Phosphorylation of SATB1, a global gene regulator, acts as a molecular switch regulating its transcriptional activity in vivo». Mol. Cell, 22, 2, Abril 2006, pàg. 231–43. DOI: 10.1016/j.molcel.2006.03.010. PMID: 16630892.
  7. ↑ Galande S, Purbey PK, Notani D, Kumar PP «The third dimension of gene regulation: organization of dynamic chromatin loopscape by SATB1». Curr. Opin. Genet. Dev., 17, 5, Octubre 2007, pàg. 408–14. DOI: 10.1016/j.gde.2007.08.003. PMID: 17913490.
  8. ↑ 8,0 8,1 8,2 8,3 8,4 Yasui, Dag; Miyano Masaru, Cai Shutao, Varga-Weisz Patrick, Kohwi-Shigematsu Terumi «SATB1 targets chromatin remodelling to regulate genes over long distances». Nature [Anglaterra], 419, 6907, Octubre 2002, pàg. 641–5. DOI: 10.1038/nature01084. ISSN: 0028-0836. PMID: 12374985.
  9. ↑ Liu, J; Barnett A, Neufeld E J, Dudley J P «Homeoproteins CDP and SATB1 Interact: Potential for Tissue-Specific Regulation». Mol. Cell. Biol. [Estats Units], 19, 7, Juliol 1999, pàg. 4918–26. ISSN: 0270-7306. PMC: 84297. PMID: 10373541.
  10. ↑ Durrin, Linda K; Krontiris Theodore G «The thymocyte-specific MAR binding protein, SATB1, interacts in vitro with a novel variant of DNA-directed RNA polymerase II, subunit 11». Genomics [Estats Units], 79, 6, Juny 2002, pàg. 809–17. DOI: 10.1006/geno.2002.6772. ISSN: 0888-7543. PMID: 12036295.

Bibliografia

  • Dickinson LA, Joh T, Kohwi Y, Kohwi-Shigematsu T «A tissue-specific MAR/SAR DNA-binding protein with unusual binding site recognition». Cell, 70, 4, 1992, pàg. 631–45. DOI: 10.1016/0092-8674(92)90432-C. PMID: 1505028.
  • Robertson NG, Khetarpal U, Gutiérrez-Espeleta GA, et al. «Isolation of novel and known genes from a human fetal cochlear cDNA library using subtractive hybridization and differential screening». Genomics, 23, 1, 1995, pàg. 42–50. DOI: 10.1006/geno.1994.1457. PMID: 7829101.
  • Nakagomi K, Kohwi Y, Dickinson LA, Kohwi-Shigematsu T «A novel DNA-binding motif in the nuclear matrix attachment DNA-binding protein SATB1». Mol. Cell. Biol., 14, 3, 1994, pàg. 1852–60. PMC: 358543. PMID: 8114718.
  • Xu L, Deng HX, Xia JH, et al. «Assignment of SATB1 to human chromosome band 3p23 by in situ hybridization». Cytogenet. Cell Genet., 77, 3–4, 1997, pàg. 205–6. DOI: 10.1159/000134577. PMID: 9284917.
  • Reddy PH, Stockburger E, Gillevet P, Tagle DA «Mapping and characterization of novel (CAG)n repeat cDNAs from adult human brain derived by the oligo capture method». Genomics, 46, 2, 1998, pàg. 174–82. DOI: 10.1006/geno.1997.5044. PMID: 9417904.
  • Escalier D, Allenet B, Badrichani A, Garchon HJ «High level expression of the Xlr nuclear protein in immature thymocytes and colocalization with the matrix-associated region-binding SATB1 protein». J. Immunol., 162, 1, 1999, pàg. 292–8. PMID: 9886398.
  • Liu J, Barnett A, Neufeld EJ, Dudley JP «Homeoproteins CDP and SATB1 Interact: Potential for Tissue-Specific Regulation». Mol. Cell. Biol., 19, 7, 1999, pàg. 4918–26. PMC: 84297. PMID: 10373541.
  • Galande S, Dickinson LA, Mian IS, et al. «SATB1 Cleavage by Caspase 6 Disrupts PDZ Domain-Mediated Dimerization, Causing Detachment from Chromatin Early in T-Cell Apoptosis». Mol. Cell. Biol., 21, 16, 2001, pàg. 5591–604. DOI: 10.1128/MCB.21.16.5591-5604.2001. PMC: 87280. PMID: 11463840.
  • Kieffer LJ, Greally JM, Landres I, et al. «Identification of a candidate regulatory region in the human CD8 gene complex by colocalization of DNase I hypersensitive sites and matrix attachment regions which bind SATB1 and GATA-3». J. Immunol., 168, 8, 2002, pàg. 3915–22. PMID: 11937547.
  • Durrin LK, Krontiris TG «The thymocyte-specific MAR binding protein, SATB1, interacts in vitro with a novel variant of DNA-directed RNA polymerase II, subunit 11». Genomics, 79, 6, 2002, pàg. 809–17. DOI: 10.1006/geno.2002.6772. PMID: 12036295.
  • Yasui D, Miyano M, Cai S, et al. «SATB1 targets chromatin remodelling to regulate genes over long distances». Nature, 419, 6907, 2002, pàg. 641–5. DOI: 10.1038/nature01084. PMID: 12374985.
  • Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. «Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences». Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 99, 26, 2003, pàg. 16899–903. DOI: 10.1073/pnas.242603899. PMC: 139241. PMID: 12477932.
  • Cai S, Han HJ, Kohwi-Shigematsu T «Tissue-specific nuclear architecture and gene expression regulated by SATB1». Nat. Genet., 34, 1, 2003, pàg. 42–51. DOI: 10.1038/ng1146. PMID: 12692553.
  • Fujii Y, Kumatori A, Nakamura M «SATB1 makes a complex with p300 and represses gp91(phox) promoter activity». Microbiol. Immunol., 47, 10, 2004, pàg. 803–11. PMID: 14605447.
  • Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. «The Status, Quality, and Expansion of the NIH Full-Length cDNA Project: The Mammalian Gene Collection (MGC)». Genome Res., 14, 10B, 2004, pàg. 2121–7. DOI: 10.1101/gr.2596504. PMC: 528928. PMID: 15489334.
  • Gocke CB, Yu H, Kang J «Systematic identification and analysis of mammalian small ubiquitin-like modifier substrates». J. Biol. Chem., 280, 6, 2005, pàg. 5004–12. DOI: 10.1074/jbc.M411718200. PMID: 15561718.
  • Wen J, Huang S, Rogers H, et al. «SATB1 family protein expressed during early erythroid differentiation modifies globin gene expression». Blood, 105, 8, 2005, pàg. 3330–9. DOI: 10.1182/blood-2004-08-2988. PMID: 15618465.
  • Seo J, Lozano MM, Dudley JP «Nuclear matrix binding regulates SATB1-mediated transcriptional repression». J. Biol. Chem., 280, 26, 2005, pàg. 24600–9. DOI: 10.1074/jbc.M414076200. PMID: 15851481.
  • Nakayama Y, Mian IS, Kohwi-Shigematsu T, Ogawa T «A nuclear targeting determinant for SATB1, a genome organizer in the T cell lineage». Cell Cycle, 4, 8, 2006, pàg. 1099–106. PMID: 15970696.
  • Rual JF, Venkatesan K, Hao T, et al. «Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network». Nature, 437, 7062, 2005, pàg. 1173–8. DOI: 10.1038/nature04209. PMID: 16189514.