| Aerolínea | OACI | IATA | Callsign | Hub | Notas |
| Aero Contractors | NIG | AJ | AEROLINE | Aeropuerto Internacional Murtala Muhammed | |
| Air Nigeria | VGN | VK | VIRGIN NIGERIA | Aeropuerto Internacional Murtala Muhammed | Comenzó operaciones el 17 de septiembre de 2009 |
| Allied Air | AJK | | BAMBI | Aeropuerto Internacional Murtala Muhammed | |
| Arik Air | ARA | W3 | ARIK AIR | Aeropuerto Internacional Murtala Muhammed Aeropuerto Internacional Nnamdi Azikiwe | |
| Associated Aviation | SCD | | ASSOCIATED | Aeropuerto Internacional Murtala Muhammed | |
| Capital Airlines | NCP | | CAPITAL SHUTTLE | Aeropuerto Internacional Murtala MuhammedAeropuerto Internacional de Ilorin | |
| Chanchangi Airlines | NCH | 3U | CHANCHANGI | Aeropuerto Internacional Murtala Muhammed | |
| Dana Air | DAN | 9J | DANACO | Aeropuerto Internacional Murtala Muhammed | |
| Dornier Aviation Nigeria | DAV | | DANA AIR | Aeropuerto de Kaduna | |
| First Nation Airways | FRN | | FIRST | | |
| IRS Airlines | LVB | | SILVERBIRD | Aeropuerto Internacional Nnamdi Azikiwe | |
| Kabo Air | QNK | N2 | KABO | Aeropuerto Internacional Mallam Aminu Kano | |
| Med-View Airline | MEV | | MED-VIEW | Aeropuerto Internacional Murtala Muhammed | |
| Overland Airways | OLA | OJ | OVERLAND | Aeropuerto Internacional Nnamdi Azikiwe | |
| Pan African Airlines | | PF | | Aeropuerto Internacional Murtala Muhammed | |
| Wings Aviation | TWD | | TRADEWINGS | Aeropuerto Internacional Murtala Muhammed | |
