WD domen, G-beta ponavljanje |
Trakasti dijagram C-terminalnog WD40 domena proteina Tup1 (transkripcionog korepresora kod kvasca), koji poprima oblik beta-propelera sa sedam lopatica. Traka je obojena od plavog N-terminusa do crvenog C-terminusa.[1] |
Identifikatori |
Simbol | WD40 |
Pfam | PF00400 |
Pfam klan | CL0186 |
InterPro | IPR001680 |
PROSITE | PDOC00574 |
SCOP | 1gp2 |
Superfamilija | 1gp2 |
CDD | cd00200 |
Dostupne PDB strukture: | Pfam | structures | PDB | RCSB PDB; PDBe | PDBsum | strukturni pregled | |
U strukturnoj biologiji, beta-propeler je tip sve-β proteinskog savijanja koje ima oblik beta ravni sa karakterističnom grupom od 4 do 8 lopatica koje su torusno raspoređene oko centralne ose. Svaka ravan tipično ima četiri antiparalna β-lanca. Oni su povijeni tako da su prvi i četvrti lanac skoro međusobno normalni. Aktivno mesto enzima se obično nalazi u otvoru formiranom u centru propelera od petlji koje povezuju uzastopne četvorolančane motive. Murzin je predložio geometrijski model za opisivanje strukturnih principa beta propelera.[2] Po tom modelu propeler sa sedam lopatica je najpovoljniji sa geometrijskog gledišta.
Spoljašnje veze
- SCOP 4-bladed beta propellers Arhivirano 2012-03-05 na Wayback Machine-u
- SCOP 5-bladed beta propellers Arhivirano 2012-03-05 na Wayback Machine-u
- SCOP 6-bladed beta propellers Arhivirano 2012-03-05 na Wayback Machine-u
- SCOP 7-bladed beta propellers Arhivirano 2012-03-05 na Wayback Machine-u
- SCOP 8-bladed beta propellers Arhivirano 2012-03-05 na Wayback Machine-u
Reference
- ↑ PDB 1erj; Sprague ER, Redd MJ, Johnson AD, Wolberger C (June 2000). „Structure of the C-terminal domain of Tup1, a corepressor of transcription in yeast”. EMBO J. 19 (12): 3016–27. DOI:10.1093/emboj/19.12.3016. PMC 203344. PMID 10856245.
- ↑ Murzin AG (October 1992). „Structural principles for the propeller assembly of beta-sheets: the preference for seven-fold symmetry”. Proteins 14 (2): 191–201. DOI:10.1002/prot.340140206. PMID 1409568.
Literatura
- Branden C, Tooze J. (1999). Introduction to Protein Structure 2nd ed. Garland Publishing: New York, NY.
|
---|
Generalni | |
---|
Sve-α sklop: | |
---|
Sve-β sklop: | |
---|
α/β sklop: | |
---|
α+β sklop: | |
---|
Neregularni sklopovi: | |
---|
|