Ciklično nukleotidna fosfodiesteraza

3'5'-ciklično nukleotidna fosfodiesteraza
Ciklično nukleotidna fosfodiesteraza tetramer, Human
Identifikatori
SimbolPDEase_I
PfamPF00233
InterProIPR002073
PROSITEPDOC00116
SCOP1f0j
SUPERFAMILY1f0j
Dostupne proteinske strukture:
Pfamstructures
PDBRCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsumstructure summary
3',5'-ciklično-nukleotidna fosfodiesteraza
Identifikatori
EC broj3.1.4.17
CAS broj9040-59-9
Baze podataka
IntEnzIntEnz pregled
BRENDABRENDA pristup
ExPASyNiceZyme pregled
KEGGKEGG pristup
MetaCycmetabolički put
PRIAMprofil
Strukture PBPRCSB PDB PDBe PDBj PDBsum
Ontologija genaAmiGO / EGO
Pretraga
PMCčlanci
PubMedčlanci
NCBIproteini

3'5'-ciklično nukleotidna fosfodiesteraza je familija fosfodiesteraza.[1] Ovi enzimi katalizuju sledeće reakcije:

nukleozid 3',5'-ciklični fosfat + H2O = nukleozid 5'-fosfat

gde je nukleozid 3',5'-ciklični fosfat: 3',5'-ciklični AMP, 3',5'-ciklični dAMP, 3',5'-ciklični IMP, 3',5'-ciklični GMP ili 3',5'-ciklični CMP.

Retinalna 3',5'-cGMP fosfodiesteraza (EC 3.1.4.17) (PDE) je locirana u spoljašnjem segmentu fotoreceptora.[2] Ona je svetlom aktivirana i učestvuje u prenosu signala. U štapićastim ćelijama PDE je oligomerna. Ona se sastoji od alfa-, beta- i 2 gama-podjedinaca, dok je PDE u kupastim ćelijama homodimer alfa lanaca, koji vezan za nekoliko manjih podjedinca. Oba PDE tipa katalizuju hidrolizu cAMP ili cGMP u korespondirajuće nukleozide 5' monofosfate. Oba enzima imaju veći afinitet za cGMP. Mesta cGMP vezivanja su locirana na N-terminalnoj polovini proteinske sekvence, dok se katalitički deo nalazi na C-terminalnom segmentu.

Humani proteini koji sadrže ovaj domen

  • PDE1A, PDE1B, PDE1B2, PDE1C, PDE2A, PDE3A, PDE3B, PDE4A, PDE4B, PDE4B5, PDE4C, PDE4D,
  • PDE5A, PDE6A, PDE6B, PDE6C, PDE7A, PDE7B, PDE8A, PDE8B, PDE9A,
  • PDE10A, PDE10A2, PDE11A,

Reference

  1. ^ Donald Voet; Judith G. Voet (2005). Biochemistry (3 изд.). Wiley. ISBN 9780471193500. 
  2. ^ Watson S, Arkinstall S (1994). „Opsins”: 214—222. 

Literatura

  • Nicholas C. Price; Lewis Stevens (1999). Fundamentals of Enzymology: The Cell and Molecular Biology of Catalytic Proteins (Third изд.). USA: Oxford University Press. ISBN 019850229X. 
  • Eric J. Toone (2006). Advances in Enzymology and Related Areas of Molecular Biology, Protein Evolution (Volume 75 изд.). Wiley-Interscience. ISBN 0471205036. 
  • Branden C; Tooze J. Introduction to Protein Structure. New York, NY: Garland Publishing. ISBN 0-8153-2305-0. 
  • Irwin H. Segel. Enzyme Kinetics: Behavior and Analysis of Rapid Equilibrium and Steady-State Enzyme Systems (Book 44 изд.). Wiley Classics Library. ISBN 0471303097. 
  • William P. Jencks (1987). Catalysis in Chemistry and Enzymology. Dover Publications. ISBN 0486654605. 

Spoljašnje veze

  • p
  • r
  • u
3.1.1: Hidrolaze karboksilnih estara
Holinesteraza (Acetilholinesteraza, Butirilholinesteraza· Pektinesteraza · 6-fosfoglukonolaktonaza · PAF acetilhidrolaza

Lipaza (Zavisna od žučnih soli, Gastrična/Lingvalna, Pankreasna, Lizozomalna, Hormon-sensitivna, Endotelna, Hepatička, Lipoproteinska, Monoacilglicerolna, Diacilglicerolna)

Fosfolipaza (A1, A2, B)
3.1.2: Tioesteraza
Tioesteraza palmitoil proteina · Ubikvitin karboksilni-terminal hidrolaza L1
3.1.3: Fosfataza
Alkalna fosfataza (ALPI, ALPL, ALPP) · Kiselinska fosfataza (Prostatična)/Tartrat-otporna kiselinska fosfataza/Fosfataze purpurne kiseline · Nukleotidaza · Glukoza 6-fosfataza · Fruktoza 1,6-bisfosfataza ·

Kalcineurin · Fosfoproteinska fosfataza (PP2A· OCRL · Piruvat dehidrogenazna fosfataza · Fruktoza 6-P,2-kinaza:fruktoza 2,6-bisfosfataza · PTEN · Fitaza · Іnozitol-fosfat fosfataza (IMPA1)

Fosfoproteinska fosfataza: Proteinska tirozinska fosfataza · Proteinska serin/treoninska fosfataza · Fosfataza dualne-specifičnosti
3.1.4: Fosfodiesteraza
Autotaksin · Fosfolipaza (C, D· Sfingomijelin fosfodiesteraza (1) · PDE1 · PDE2 · PDE3 · PDE4A/PDE4B · PDE5 · Lecitinaza (Clostridium perfringens alfa toksin) · Fosfodiesteraza cikličnih nukleotida
3.1.6: Sulfataza
arilsulfataza (Arilsulfataza A, Arilsulfataza B, Arilsulfataza E, Steroidna sulfataza· Galaktozamine-6 sulfataza · Iduronat-2-sulfataza · N-acetilglukosamin-6-sulfataza
Nukleaza (obuhvata
deoksiribonukleazu i
ribonukleazu)
3.1.11-16: Eksonukleaza
Eksodeoksiribonukleaza
Eksoribonukleaza
3.1.21-31: Endonukleaza
Endodeoksiribonukleaza
Deoksiribonukleaza I · Deoksiribonukleaza II · Deoksiribonukleaza IV · Restrikcioni enzim · UvrABC endonukleaza
Endoribonukleaza
RNaza III · RNaza H (1, 2A, 2B, 2C) · RNaza P · RNaza A (1, 2, 3, 4/5) · RNaza T1 · RNK-indukovani utišavajući kompleks
bilo dezoksi- ili ribo-
Aspergillus nukleaza S1 · Nukleaza mikrokoka
B enzm: 1.1/2/3/4/5/6/7/8/10/11/13/14/15-18, 2.1/2/3/4/5/6/7/8, 2.7.10, 2.7.11-12, 3.1/2/3/4/5/6/7, 3.1.3.48, 3.4.21/22/23/24, 4.1/2/3/4/5/6, 5.1/2/3/4/99, 6.1-3/4/5-6
  • п
  • р
  • у
Teme
Tipovi
  • B enzm: 1.1/2/3/4/5/6/7/8/10/11/13/14/15-18, 2.1/2/3/4/5/6/7/8, 2.7.10, 2.7.11-12, 3.1/2/3/4/5/6/7, 3.1.3.48, 3.4.21/22/23/24, 4.1/2/3/4/5/6, 5.1/2/3/4/99, 6.1-3/4/5-6
Portali:
  •  Molekularna i ćelijska biologija
  •  Hemija